История Краснознаменского районного суда началась 27 июля 1946 года, когда согласно приказу Управления МЮ РСФСР в Калининградской области исполнять обязанности народного судьи Краснознаменского района стала Королькова А.С., в прошлом ревизор УМЮ в Рязанской области.

В июле 1947 года народным судьей избрали участника штурма Кёнигсберга, кавалера ордена Александра Невского Сапунова М.Д. В первые годы войны он был членом военного трибунала действующей Армии.

С конца декабря 1948 года один созыв в Краснознаменском районном народном суде работал Новиков, К.И., имевший опыт работы в должности народного судьи Гурьевского района. В 1951 году его преемником стал Поляшов Н.Н. А 18 декабря 1960 года по итогам состоявшихся в районе выборов судьей в штат суда был зачислен Руденя М.В., который через три года стал председателем суда.

С 1965 года председателем Краснознаменского районного народного суда стала Акулина М.В. вплоть до 1968 года. С 1968 по 1970 год суд возглавлял Шугаев Б.Ф. Без малого 20 лет председателем суда была Сук Л.И., которая после окончания Саратовского юридического института сама выбрала место будущей работы - Калининградскую область, где её отец погиб при штурме Кенигсберга.

Впоследствии, в разные годы суд возглавляли: Витрук Светлана Константиновна (1989-1993 гг.), Павлюкова Светлана Викторовна (1993-1995 гг.), Шурцова Надежда Ивановна (1995-2004 гг.). Затем, на протяжении трех лет (с 2004 года по 2007 год) обязанности председателя суда исполняла Осьмакова Елена Николаевна.

С 2008 года по январь 2012 года судом руководила Шкуратова Анастасия Валерьевна, сейчас работающая судьей Калининградского областного суда. Затем в течение семи месяцев обязанности председателя суда исполнял судья Бондаренко Олег Сергеевич.

За годы своей истории суд трижды менял юридический адрес. В 1960-х годах он располагался в здании отдела внутренних дел по ул. Калининградской. С 1991 по 2000 год занимал семь кабинетов и два зала судебных заседаний в здании бывшего райкома КПСС по ул. Советской. С августа 2000 года суду передано сначала в аренду, а с 2002 года - в собственность бывшее здание банка, где суд и размещается по настоящее время.

В 2012 году на должность председателя Краснознаменского районного суда назначен Филаткин Юрий Михайлович.

Указом Президента Российской Федерации от 13.12.2021 № 1067 председателем назначен Матвеев Алексей Геннадьевич, который сегодня руководит работой двух судей – Бондаренко О.С. и Мальковской Г.А. – и 10 работниками аппарата суда.